В 1990 г. собор передан православной общине и в 1991 г. состоялось первое Богослужение, в приделе св.блг.кн.Александра Невского и с этого времени Богослужение в соборе не прекращалось не смотря на масштабные восстановительные работы. Настоятелем храма был назначен священник Михаил Рогозин (1990 - 1992 гг.), с 1992г. по 1994 г. обязаности настоятеля исполнял священник Николай Митрофанов. С середины 1994 г. по благословению митрополита Санкт-Петербургского Иоанна настоятелем Покровского собора назначен протоиерей Михаил Юримский. За все годы возрождения храма основным и постоянным "спонсором" являются наши горожане, жертва которых - бесценна, будь то деньгами или трудом в наше тяжкое для России время. Также важно отметить что все работы которые велись и ведутся в храме выполняются руками Гатчинских мастеров и это говорит о том что храм собрал вокруг себя богатейший творческий потенциал нашего города во всех направлениях деятельности. С первых дней, помимо воскресной школы, организовывались подростковые трудовые "лагеря" при соборе и тот вдохновенный труд мальчиков и девочек на возрождение святыни - неоценим

Первоначально, под подворье Пятогорского Богородицкого (бывшего Вохоновского Мариинского) женского монастыря купцом 3-й гильдии К. К. Карповым был предоставлен деревянный двухэтажный дом, находившийся на углу Госпитальной и Мариинской улиц. 24 июля 1896 г. настоятель Покровской церкви в Мариенбурге священник Василий Левитский совершил закладку в этом доме временной церкви (т.е. переоборудование под церковь). Спустя две недели работы были закончены,и 6 августа того же года епископ Гдовский Назарий (Кириллов) совершил освящение в ней главного престола во имя Покрова Пресвятой Богородицы, а на следующий день- бокового придела св. Александра Невского. В 1915 г., после освящения каменной подворской церкви, эта временная церковь была упразднена и вскоре разобрана.
Разработкой проекта нового каменного собора занимались архитектор Л. М. Харламов и инженер путей сообщения и архитектор А. А. Барышников.
Летом 1905 г. начались строительные работы, причём многие жители города принимали участие в строительстве — помогали средствами и строительными материалами. Торжественную закладку храма,когда уже был возведён его цокольный этаж, совершил 3 июня 1907 г. благочинный монастырей архимандрит Макарий (Воскресенский). Многие отделочные работы выполняли сёстры Покровского Богородицкого монастыря, в том числе ими было выполнено золочение церковных крестов, а также дубовых иконостасов и других церковных принадлежностей.
Главный придел храма — во имя Покрова был торжественно освящён 8 октября 1914 г. епископом Нарвским Геннадием (Туберозовым). Южный придел — во имя святого Александра Невского был освящён 9 октября 1914 г. благочинным монастырей архимандритом Макарием (Воскресенским),а северный — во имя Николая Чудотворца был освящён им же 7 декабря 1914 г..
Первая мировая война и Октябрьская революция помешали завершить отделку храма